Медицинският университет - София е най-старата институция у нас за медицинско образование. Законът за създаване на Медицински факултет към Софийския унивеситет е приет през 1917 г, а на 10 април 1918 г. е изнесена първата лекция в МФ. През 1950 г. Медицинският факултет се отделя като самостоятелна структура, като през 1972 г става центърът на новосъздадената Медицинска академия. В началото на 90-те университетът се обособява като Медицински университет - София.

Медицинският факултет към Тракийски университет - Стара загора е разкрит през 1982 г, като част от тогавашната Медицинска академия. През 1995 г. факултетът влиза в състава на новосъздадения Тракийски университет.

Медицинският унивеситет в Пловдив е създаден през 1945 г. като медицински факултет на Пловдивски университет. През 1950 г. се обособява като "Медицинска академия", а през 1972 г. влиза в състава на мегаструктурата "Медицинска академия" с център София. През 1990 г МА се разпада и университетът се обособява като Висш медицински институт (ВМИ) - Пловдив. През 2002 ВМИ - Пловдив се преименува на Медицински университет - Пловдив.

Медицинският университет във Варна е създаден на 1 октомври 1961 г. МУ - Варна наследява Висшия медицински институт, открит с Указ на Президиума на Народното събрание на НРБ през 1961 г. От създаването на МУ - Варна досега в университета са завършили над 8300 български студенти и около 1000 чужденци от 45 страни. Медицински университет - Варна е основен научен, учебен и лечебен център в Североизточна България и Черноморието.

Медицинският университет - Плевен е създаден през 1974 г, като наследява бившата окръжна болница, създадена през 1865 година. Към настоящия момент МУ-Плевен притежава една от най-съвременните бази в България, включваща учебни и лечебни звена.

През пролетта на 2003 г. по предложение на Ректора проф. Боян Биолчев Академическият съвет на Софийския университет взема решение да възстанови Медицинския факултет. На 1 октомври същата година Академическият съвет гласува и "Проект за разкриване на ново основно звено в СУ – факултет по медицина".