Към вродените аномалии се отнасят липсата на хранопровод, двоен или раздвоен хранопровод, вродена анастомоза (фистула) между хранопровода и бронхите, между хранопровода и трахеата, стеснения и разширения на хранопровода, къс хранопровод и други. Вродените аномалии в повечето случаи се откриват още през първите дни след раждането, другите се откриват в по-зряла възраст. Липсата на хранопровод е много тежка аномалия, която е несъвместима с живота. Нерядка аномалия е сляпо завършващ хранопровод, т.е. - липса на отвор - връзка между хранопровода и стомаха (атрезия).

Лечението на вродените аномалии на хранопровода е оперативно. Успехът на операцията се крие в ранното откриване на аномалията и пълното й отстраняване с възтановяване на ефикасната проходимост на хранопровода.
Прогнозата при успешна, навременна пластично-реконструктивна хирургическа намеса е добра.