Въпреки че хлорът в басейните убива патогенните микроорганизми, той допринася и за развитието на астма и назални алергии. Статия, публикувана в Pediatrics, сочи, че децата с алергична сенсибилизация (атопия), които прекарват повече време в хлорирани басейни, имат повишен риск от астма и назални алергии, вкл. алергичен ринит и сенна хрема.

Белгийски лекари изследвали 847 тийнейджъри на възраст между 13 и 18 години, плували в открити и закрити хлорирани басейни. Сред децата с с атопия било отчетено повишаване на риска от астма достигащо 7-14 пъти при над 1000 прекарани часа (в сравнение с юношите, прекарали под 100 часа). Бил отчетен и повишен риск от назални алергии.

Авторите отбелязват, че хлорът и неговите продукти могат да доведат до дразнене на кожата, очите и горните дихателни пътища. Хлор-базираните оксиданти във водата и въздухът непосредствено над водната повърхност могат да предизвикат промени в дихателните пътища и да тригерират развитието на алергични заболявания.