Кафето има доказан стимулиращ ефект, които много добре се отразява на организма в забързаното ежедневие и дава свежи сили и работоспособност. Но съдържащия се в кафето кофеин действа като допинг, към който много лесно се привиква. Като всеки допинг, кафето води до зависимост, която се увеличава с времето и се развива физическа и психическа зависимост. Което логично води до повишаване постепенно на дневната доза и до проява на нежелани ефекти върху организма – повишена нервност, разтреперване и сърцебиене.

От друга страна кафето не е подходящо за хора с нарушена мастна обмяна и особено тези с високи нива на холестерола, тъй като кафето може да предизвика допълнително повишение на нивата му. Това се получава от допълнителния прием на мастни киселини, съдържащи се в кафените зърна.

Жените, които пият кафе в големи количества са застрашени от по-ранна поява на остепения или остеопороза тъй като кафето предизвиква повишено отделяне на калций в урината.

Кафето повлиява и обмяната на желязо. То се свързва с него в трудно разтворими комплекси в стомаха и червата и така се забавя и затруднява усвояването му.

Всекидневното пиене на кафе в големи количества води до натрупване на кофеин в организма и по-специално в мастната тъкан. От друга страна кофеинът не позволява пълноценното усвояване на някои витамини, и по-специално на витамин С и витамините от група В.

Кафето причинява повишение на киселинността на стомаха и това може да наруши нормалната функция на стомаха и да предизвика развитие на гастрит или язва.

Препоръчителната дневна доза кафе е до две средно големи чаши на ден. По-честият прием или в по-големи дози води до риск от привикване и развитие на споменатите вече симптоми.